水生植物的細胞間隙特別發達，經常還發育有特殊的通氣組織，以保證在植株的水下部分能有足夠的氧氣。水生植物的通氣組織有開放式和封閉式兩大類。蓮等 植物的通氣組織屬于開放式的，空氣從葉片的氣孔進入后能通過莖和葉的通氣組織，從而進入地下莖和根部的氣室。整個通氣組織通過氣孔直接與外界的空氣進行交 流。金魚藻等植物的通氣組織是封閉式的，它不與外界大氣連通，只貯存光合作用產生的氧氣供呼吸作用之用，以及呼吸作用產生的二氧化碳供光合作用之用。

水生植物的葉面積通常增大，表皮發育微弱或在有的情況下幾乎沒有表皮。沉沒在水中的葉片部分表皮上沒有氣孔，而浮在水面上的葉片表面氣孔則常常增多。 此外，沉沒在水中的葉子同化組織沒有柵欄組織與海綿組織的分化。水生植物葉子的這些特點都是適應水物種分布中弱光、缺氧的環境條件的結果。水生植物在水中 的葉片還常常分裂成帶狀或絲狀，以增加對光、二氧化碳和無機鹽類的吸收面積。同時這些非常薄、強烈分裂的葉片能充分吸收水體中豐富的無機鹽和二氧化碳。十 字花科的蔊菜（Nasturtium amphibium）就是一個典型的例子。它的葉片分為兩型葉，水面上的葉片能夠執行正常的光合作用的任務，而沉沒在水中的、強烈分裂的葉片還能擔負吸收 無機鹽的任務。

由于長期適應于水環境，生活在靜水或流動很慢的水體中的植物莖內的機械組織幾乎完全消失。根系的發育非常微弱，在有的情況下幾乎沒有根，主要是水中的葉代替了根的吸收功能，如狐尾藻。

水生植物以營養繁殖為主，如常見的作為飼料的水浮蓮和鳳眼蓮等。有些植物即使不行營養繁殖，也依靠水授粉，如苦草。